Εργαστήριο Μοριακής Γενετικής και Μικροβιολογίας, Τμήμα Μηχανικών Περιβάλλοντος
Το Εργαστήριο Μοριακής Γενετικής και Μικροβιολογίας (ΕΜΓΜ) έχει τρεις ερευνητικούς πυλώνες, με κύριο ερευνητικό αντικείμενο τη μελέτη των μικροοργανισμών σε ακραία περιβάλλοντα αλλά και τις συμβιωτικές σχέσεις που αναπτύσσουν με άλλους οργανισμούς. Το προσωπικό του ΕΜΓΜ χρησιμοποιώντας νέες προηγμένες τεχνολογίες (ομικές τεχνολογίες), συμβάλλει σημαντικά (α) στην κατανόηση και τη χαρτογράφηση των μικροβιακών κοινοτήτων που αναπτύσσονται σε ακραία περιβάλλοντα, (β) στη μελέτη των αλληλεπιδράσεων μεταξύ διαφορετικών μικροβιακών κοινοτήτων, (γ) στην επίδραση εξωτερικών παραγόντων στην ανάπτυξη και εγκαθίδρυση των μικροβιακών κοινοτήτων, (δ) την ταυτοποίηση παθογόνων μικροοργανισμών από περιβαλλοντικά δείγματα και (ε) στην απομόνωση και το χαρακτηρισμό νέων ειδών βακτηριών, αρχαίων και μυκήτων. Τέλος, χρησιμοποιώντας καινοτόμες ομικές τεχνολογίες έχει ξεκινήσει μια προσπάθεια αποκρυπτογράφησης γονιδιωμάτων, αλλά και των μεταβολικών ιδιοτήτων που έχουν ενδιαφέρουσες μικροβιακές κοινότητες. Ομοίως, με τη μεταγονιδιωματική το προσωπικό του εργαστηρίου μελετά τη μικροβιακή «μαύρη ύλη» (microbial dark matter), αυτή δηλαδή που δεν μπορεί να χαρακτηριστεί χρησιμοποιώντας τις μέχρι τώρα γνωστές μεθόδους καλλιέργειας στο εργαστήριο. Με τον τρόπο αυτό μελετώνται όχι μόνο απομονωμένα βακτηριακά στελέχη, αλλά το μεταβολικό προφίλ μικροβιακών κοινοτήτων.
Προπτυχιακές Σπουδές: Τμήμα Φυτικής Παραγωγής, Τ.Ε.Ι. Θεσσαλονίκης (1991)
Μεταπτυχιακές Σπουδές: Τμήμα Βιολογίας, Wye College, Πανεπιστήμιο του Λονδίνου (1997)
Γνωστικό Αντικείμενο Διδακτορικής Διατριβής: Ανάλυση ενός γονιδίου υπεύθυνο για την μη-παθογένεια από το βακτήριο το οποίο καθορίζει εξειδίκευση σε επίπεδο ποικιλίας ως προς το φυτό Phaseolus vulgaris L.
Ερευνητικές και άλλες δραστηριότητες
Μελέτη της μικροβιακής ποικιλότητας σε ακραία περιβάλλοντα (αλυκές, ανοξικές λιμνοθάλασσες, απόβλητα ελαιοτριβείων, θερμές πηγές κ.α.) χρησιμοποιώντας ομικές τεχνολογίες
Τη μελέτη των αλληλεπιδράσεων μεταξύ τους, καθώς και την επίδραση των εξωτερικών παραγόντων στην ανάπτυξη και εγκαθίδρυσή τους
Την ανίχνευση, ταυτοποίηση και χαρακτηρισμό: παθογόνων μικροοργανισμών, γενετικά τροποποιημένων οργανισμών, νέων ειδών βακτηριών και αρχαίων
Τη μελέτη της μεταβολικής ποικιλότητας χρησιμοποιώντας γενωμικές προσεγγίσεις (γονιδιωματική του ενός κυττάρου – single cell genomics)
Σχεδιασμό και ανάπτυξη νέων εργαλείων για την μελέτη της μικροβιακής ποικιλότητας
Βιοενέργεια
Τη μελέτη αλληλεπιδράσεων βακτηρίων – ξενιστών: κατανόηση, χαρακτηρισμός και φυλογενετική εξέλιξη των γονιδίων που συμμετέχουν στην εκδήλωση της ασθένειας/ανθεκτικότητας σε κυτταρικό επίπεδο στο βακτήριο και στο φυτό ξενιστή
Ο Ηλίας Ασημάκης, σπούδασε Βιολογία στο Ε.Κ. Πανεπιστήμιο Αθηνών, από όπου απέκτησε και μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης στην βιοπληροφορική. Ολοκλήρωσε το διδακτορικό του στη μικροβιολογία συστημάτων στο Πανεπιστήμιο Πατρών. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα περιλαμβάνουν την μελέτη της μικροβιακής ποικιλότητας περιβαλλοντικών συστημάτων, συγκεκριμένα της ανάλυσης της δομής των μικροβιακών κοινοτήτων και των αλληλεπιδράσεων που αναπτύσσονται μεταξύ των συστατικών τους, με τη χρήση -ομικών τεχνολογιών.
Το Εργαστήριο Μοριακής Γενετικής και Μικροβιολογίας (ΕΜΓΜ) έχει τρεις ερευνητικούς πυλώνες, με κύριο ερευνητικό αντικείμενο τη μελέτη των μικροοργανισμών σε ακραία περιβάλλοντα αλλά και τις συμβιωτικές σχέσεις που αναπτύσσουν με άλλους οργανισμούς. Το προσωπικό του ΕΜΓΜ χρησιμοποιώντας νέες προηγμένες τεχνολογίες (ομικές τεχνολογίες), συμβάλλει σημαντικά (α) στην κατανόηση και τη χαρτογράφηση των μικροβιακών κοινοτήτων που αναπτύσσονται σε ακραία περιβάλλοντα, (β) στη μελέτη των αλληλεπιδράσεων μεταξύ διαφορετικών μικροβιακών κοινοτήτων, (γ) στην επίδραση εξωτερικών παραγόντων στην ανάπτυξη και εγκαθίδρυση των μικροβιακών κοινοτήτων, (δ) την ταυτοποίηση παθογόνων μικροοργανισμών από περιβαλλοντικά δείγματα και (ε) στην απομόνωση και το χαρακτηρισμό νέων ειδών βακτηριών, αρχαίων και μυκήτων. Τέλος, χρησιμοποιώντας καινοτόμες ομικές τεχνολογίες έχει ξεκινήσει μια προσπάθεια αποκρυπτογράφησης γονιδιωμάτων, αλλά και των μεταβολικών ιδιοτήτων που έχουν ενδιαφέρουσες μικροβιακές κοινότητες. Ομοίως, με τη μεταγονιδιωματική το προσωπικό του εργαστηρίου μελετά τη μικροβιακή «μαύρη ύλη» (microbial dark matter), αυτή δηλαδή που δεν μπορεί να χαρακτηριστεί χρησιμοποιώντας τις μέχρι τώρα γνωστές μεθόδους καλλιέργειας στο εργαστήριο. Με τον τρόπο αυτό μελετώνται όχι μόνο απομονωμένα βακτηριακά στελέχη, αλλά το μεταβολικό προφίλ μικροβιακών κοινοτήτων.
Υπεύθυνος Εργαστηρίου: Γεώργιος Τσιάμης
Μέλη
Γεώργιος Τσιάμης
Ερευνητικές και άλλες δραστηριότητες
Ηλίας Ασημάκης